Villegas fue formado en las fuerzas básicas del Deportivo Saprissa y, posteriormente, debutó en la Primera División el 8 de febrero de 2017 y desde ese entonces ha marcado un total de siete goles en la máxima categoría. El delantero también jugó en el Municipal Grecia, Puerto Golfito y Limón FC. Así mismo, fue campeón con el Monstruo el 2018 cuando Saprissa ganó el Torneo de Clausura.